La Reserva de la Biosfera de El Vizcaíno se encuentra en el estado de Baja California Sur, en el noroeste del municipio de Mulegé. El límite norte de la reserva está señalado por el paralelo 28º de latitud norte, al oriente, con el Golfo de California, al sur, con el paralelo 26º 30' norte, y al poniente con el Océano Pacífico. Abarca una superficie de 2 546 790 hectáreas, lo que representa el 77% de la superficie municipal.
La altitud va de los 0 a los 1985 msnm en los picos más altos de las sierras.
Se extiende desde la Sierra de San Francisco y Santa Marta hasta los islotes y las islas en el Océano Pacífico; abarca el Desierto el Vizcaíno, Guerrero Negro, Laguna Ojo de Liebre, Vertiente de California, Isla Delgadito, Isla Pelícano, Islotes Delgadito, Isla Malcob, Isla San Ignacio, Isla San Roque, Isla Asunción e Isla Natividad.
Su extenso y variado ecosistema incluye zonas áridas, dunas, sierra, montaña, costa, esteros y lagos.